排污许可证申报首先由排污单位向环境主管部门提交相关申报材料，主管部门审核所需资料是否齐全，如果不齐要求排污单位补齐。排污单位提出排污量申报之后，主管部门结合总量控制要求和区域产业机构调整需求对申报排放量进行核定，并分配排污单位排污指标，同时加强对污染物实际排放量和水质在线监测仪器的监管。

整合水污染物排放申报系统、排放许可证排放指标核定发放技术、排放许可证核查、追踪技术和绩效评估技术等，开发了具有动态决策支持功能的排污许可证管理技术体系。（1）建立了水污染物排放许可证申报系统，通过明确申报系统的基本原则，详细规定了排放因子、发放对象、申请条件等排放许可证申报中的重点核心问题，支持排放许可证的水污染物总量控制及区域环境管理的功能。（2）结合不同地区发展状况，建立了针对不同排污单位的具有调控产业结构和布局功能的水污染物排放许可证多目标核定发放系统，并编写了水污染物排放许可证排污指标核定发放技术规范。（3）设计了由污染源自动监控系统、动态监测比对和基于物料平衡核算的污染物排放多手段核定技术，同时针对我国重点污染源自动监控系统不充分、运行状态不佳、数据准确性不足、动态数据传输不到位等情况，提出水污染物排放量的动态准确核定方法，确保排放许可证制度有效实施。（4）以当前水污染物排污许可证的实施与管理需求为基础，系统设计了排放许可证全过程管理的技术平台框架，构建了太湖流域主要水污染物排放许可证使用平台，完成了相应的软硬件开发。平台主要包括排污许可证申请和核定两个子系统。其中，申请系统包括排污单位基本信息、产品及原材料、水污染排放信、排放口信息、COD 指标申请、申请信息提交、审批结果查阅、申请表打印、信息公示九个子单元。核定系统包括在线监测数据、监督监测数据、物料核算数据、在线监督权重、排污量核定、排污量统计、账户安全设置七个子单元。管理平台充分考虑了软件系统的适用性和可操作性，为太湖流域排污许可证申报和管理的提供了重要手段，有力支撑了水污染物排污许可证政策的实施。